粮食和农业部（MINFA）的一位官员说，最近的降雨和2009-10赛季棉花作物的病毒袭击将使巴基斯坦面临的棉花产量短缺约12％，即超过100万包
。官方估计，由于雨水损害了信德省约5％的农作物，估计皮棉的产量将为1050万包，而粉虱和棉卷毛病毒（CLCV）已影响了7-10％的农作物
。官方称，这种严峻的形势使巴基斯坦中央棉花委员会不得不修改生产目标，即使修改后
，产量也无法达到目标，即1350万包这位官员说。该国上一个收获
季节的棉花产量约为1,080万包。同时，根据巴基斯坦棉花轧制协会（PCGA）的数据，该国在上一季度收获了1170万包棉花，比目标棉低了220万
包。在2008-09年，轧棉厂的最终棉花到货量为113,49029包。纺织部门购买了103,19134包棉花，而私营部门出口商和巴基斯坦贸易公司分别购买了294,865和185,033包棉花，仍有546,547包棉花未售出。
由于缺乏抗击棉花病毒和暴雨的专业知识，旁遮普邦和信德省内陆地区将有近12％的农作物受到影响。
由于转向其他农作物，恶劣的天气条件以及诸如CLCV和粉虱等农作物病害，导致耕地面积减少是造成棉花减产的其他因素。
一项调查显示，CLVC在3月至4月的播种作物上的侵染水平较低，而在5月至6月间播种的作物上则为中度至高水平。
